El CONSEJO ANDALUZ de COAATs se estructura sobre tres órganos de gobierno (art. 5 E): el Pleno del Consejo Autonómico, la Comisión Permanente y la Comisión Ejecutiva (que se integra por el Presidente, el Secretario y el Tesorero-Contador).
El PLENO del Consejo Autonómico es el órgano superior de gobierno.
La COMISIÓN PERMANENTE es el órgano permanente de control de la dirección, administración y representación del Consejo.
La COMISIÓN EJECUTIVA es el órgano que, de forma inmediata y continuada, lleva a cabo la dirección, administración y representación del Consejo.
Junto a los órganos de gobierno, los Estatutos regulan unos órganos de trabajo y unos órganos de consulta.
Actualmente existen las siguientes COMISIONES DE TRABAJO:
Por último, y respecto a la infraestructura técnica y administrativa, se reduce la misma a una Secretaría Técnica (ligada al Servicio Jurídico) y un soporte administrativo (servido por dos personas) organizado en tres áreas: